Société Française de Phytosociologie

SOCIÉTÉ FRANÇAISE
DE PHYTOSOCIOLOGIE

Une difficulté actuelle posée à la plupart des utilisateurs de la documentation phytosociologique est le rattachement de leurs relevés aux syntaxons décrits actuellement dans le cadre du prodrome des végétations de France. L’élaboration de systèmes experts a pour objectif de faciliter cette opération en permettant une identification automatique des relevés phytosociologiques. Comme l’expression l’indique, il s’agit d’une méthode reproduisant la démarche de l’expert phytosociologue qui identifie une communauté végétale en recherchant dans la littérature phytosociologique une combinaison d’espèces d’une association végétale préalablement décrite et qui se rapproche le plus du cortège floristique du groupement à identifier.

Cette opération peut être conduite avec le logiciel gratuit Juice proposé par l’équipe tchèque (M. Chytry, L. Tichy, D. Zeleny). Le système expert s’appuie sur la méthode Cocktail introduite par Bruelheide et fondée sur la notion de groupes sociologiques d’espèces. Cette méthode propose des définitions formalisées des associations végétales en utilisant les opérateurs logiques du langage booléen. Des informations plus détaillées peuvent être trouvées dans l’ouvrage « Connaissance de la biodiversité végétale » (Bouzillé, 2014) publié chez Lavoisier.

Un objectif majeur est la conception d’un système expert concernant l’ensemble des végétations de France mais, compte tenu de la grande diversité phytocoentique du territoire national, la démarche risque d’être difficile à mettre en œuvre dans un avenir proche. Plusieurs possibilités peuvent être envisagées : travailler par classe du prodrome, par région, ou de manière collective grâce à des compétences motivées et disponibles. Le but de cette sous-rubrique du site web de la Société Française de Phytosociologie est de réunir toutes les initiatives permettant de progresser dans l’élaboration de systèmes experts afin de rendre utilisable la documentation phytosociologique par tous les praticiens étudiant les communautés végétales.

Exemple d'application

De manière à pouvoir évaluer l’intérêt de l’utilisation d’un système expert, un exemple simple d’application est proposé ci-après. Il concerne les végétations prairiales hygro et méso-hygrophiles de l’Ouest de la France. Il a été élaboré en grande partie en prenant en compte des relevés extraits de la thèse de de Foucault (1984) qui peuvent être considérés comme des relevés références.

Sont proposés en téléchargement 2 fichiers :

Télécharger le tableau de relevés à identifier

Télécharger le système expert

Remarques : il convient tout d'abord de dézipper les deux fichiers téléchargés.
Le tableau est au format xml pour faciliter son intégration dans le logiciel Juice.

Pour procéder à l’application il convient de suivre les étapes décrites ci-dessous.
  1. En premier lieu il faut télécharger le logiciel gratuit Juice en cliquant sur le lien suivant :
    http://www.sci.muni.cz/botany/juice et aller dans « Program installation » qui figure dans le menu principal. Puis, télécharger le tableau des relevés à identifier et le fichier « Système expert ».
  2. Ensuite, dans une première étape, il faut importer le tableau des relevés à identifier dans Juice. Pour cela, sélectionner « Import » dans le menu « File » de Juice puis « Table » et cliquer sur « From TURBOVEG XML Format File ». Rechercher le tableau de relevés dans le répertoire personnel et cliquer sur « Ouvrir ». Le tableau apparaît directement à l’écran et pour cette application il suffit de cliquer sur « Finish » pour terminer l’opération « Import ». Eventuellement sauvegarder le tableau en cliquant sur « Save » dans le menu « File ».
  3. Pour lancer le système expert il faut d’abord dans le menu « Analysis » de Juice, cliquer sur « Expert System » ce qui ouvre la fenêtre ci-dessous :
    Ensuite il convient d'importer le système expert, c’est-à-dire le fichier texte correspondant. Pour cela, il faut cliquer sur « Load ES File » (flèche 1 sur la fenêtre), ce qui permet de rechercher ce fichier dans le répertoire personnel puis de l’ouvrir. Pour procéder à l’identification des relevés du tableau importé (étape 2 précédente), il suffit de cliquer sur « Classify WHITE relevés » (flèche 2) pour obtenir en « Header data » (ligne supérieure) du tableau les abréviations des noms d’associations reconnues par le système expert. Pour plus d’informations, en particulier pour lire le nom exact de l’association, on peut cliquer sur un relevé précis du tableau puis sur « Classify Relevé » (flèche 3). En ouvrant le fichier texte du système expert on peut également retrouver le nom exact de toutes les associations recensées.
  4. MAIS, certains relevés ne sont pas identifiés. Figurent alors dans les « Header data » un signe + ou un point d’interrogation. Dans le premier cas il s’agit de relevés de transition entre deux associations végétales, dans le deuxième cas cela signifie que les compositions floristiques ne sont pas reconnues par les formules du système expert. Pour ces relevés non identifiés il existe une possibilité de rechercher l’association la plus proche du relevé considéré en utilisant un indice de similarité. Dans le menu « Analysis » de Juice se trouve un module appelé « Matching to WHITE Relevés » qui permet cette opération à partir d’un tableau de référence. Les détails de cette démarche peuvent être trouvés dans l’ouvrage « Connaissance de la biodiversité végétale » (Bouzillé, 2014) publié chez Lavoisier.

Contacts

Jan-Bernard Bouzillé
Gilles Thébaud